Les îles sont divisées en trois parties  : Luzon, Visayas et Mindanao. Luzon est l'île principale située au Nord ; c'est là où se trouve la capitale, Manila. Les Visayas correspondent au groupement d'îles au centre, un ensemble de plages tropicales parmi des mers chaudes. Mindanao est le groupe d'îles au Sud, et a une topographie variéecomprenant des péninsules, des vallées, des lacs, des régions de forêt dense et des marais.

La majorité des îles des Philippines sont des volcans éteints et des atolls. Sur les îles de taille plus importante se trouvent des forêts tropicales, beaucoup de montagnes, des vallées et des marais. Il y a toujours des volcans non éteints.